Bên cạnh những lợi ích kể trên, thương mại điện tử cũng đặt ra hàng loạt vấn đề bức xúc và những thách thức đối với toàn xã hội, nhất là ở các nước đang phát triển. Tuy thương mại điện tử mới được áp dụng trên phạm vi toàn cầu khoảng một thập kỷ qua nhưng hàng loạt vấn đề đã nảy sinh.
Thương mại điện tử đã và đang làm thay đổi phong cách sinh hoạt của xã hội, khiến đời sống văn hóa của toàn xã hội có nhiều biến đổi. Tác động văn hoỏ xó hội của Internet, môi trường hoạt động chủ yếu của TMĐT, cũng đang là một mối quan tâm quốc tế, vỡ hàng loạt tỏc động tiêu cựcđó xuất hiện.
Thương mại điện tử cũng có xu hướng làm gia tăng khoảng cách giàu nghèo giữa các quốc gia. Các nước đang phát triển tiếp tục đứng trước cuộc cạnh tranh kinh tế không cân sức, nên càng dễ chịu nhiều thua thiệt và bất bình đẳng. Trong một thế giới “số hóa”, nhiều vấn đề nghiêm trọng đối với các nước đang phát triển.
Ngoài ra, nguy cơ lệ thuộc cụng nghệ đang là một vấn đề khiến các nước phải quan tâm. Sự phụ thuộc ấy khụng chỉ thể hiện ở những thiệt thũi về kinh tế, mà ở tầm cao hơn: Mỹ và các nước tiên tiến gần với Mỹ về công nghệ thông tin có thể nắm được hết thông tin của các nước thuộc đẳng cấp công nghệ thấp hơn. Đõy có thể là một trong những nét đặc trưng cơ bản của trật tự thế giới mới trong thế kỷ XXI. Vì vậy cần khẩn trương có những đối sách hữu hiệu.
Hiện nay nền kinh tế Việt Nam vẫn đang trong giai đoạn xây dựng nền kinh tế thị trường định hướng XHCN, còn đang dần phải hoàn thiện từ thể chế kinh tế tới các yếu tố thị trường.
Những quan điểm chung trong quá trình phát triển TMĐT và các giải pháp nhằm thúc đẩy sự phát triển TMĐT ở Việt Nam chỉ có thể trở thành hiện thực và mang lại hiệu quả nếu như có sự đổi mới một cách căn bản từ nhận thức của các nhà lãnh đạo tới sự triển khai trong thực tế.